Вроде бы я об этом еще не писал. В vSphere 5 появилась новая кнопка для работы со снапшотами:
Она пригодится в случае если у ВМ де-факто снапшоты есть, хотя в интерфейсе их не видно.
Такое иногда случается при неудачном удалении снапшота, к примеру.
Так же, система иногда сама обратит ваше внимание, что ВМ стоит выключить и инициировать это слияние снапшотов:
Если не помогает то проблема в жестких дисках или RAID массиве.
ИЛИ сделать клон — у клона снапшотов уже не будет.